Theo đó, C01 đã hoàn tất kết luận điều tra bổ sung, đề nghị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố Nguyễn Duy Linh về tội “Nhận hối lộ”; Phan Văn Anh Vũ (46 tuổi, cựu chủ tịch HĐQT Công ty CP xây dựng Bắc Nam 79) về tội "Đưa hối lộ", đề nghị truy tố bị can Hồ Hữu Hòa (37 tuổi, làm nghề tư vấn phong thủy) về tội "Môi giới hối lộ".
Phan Văn Anh Vũ tại một phiên xét xử.
Kết luận điều tra cho rằng, giữa năm 2017 Phan Văn Anh Vũ biết mình bị điều tra trong hàng loạt vụ án, nên đã nhờ Hồ Hữu Hòa là người có quan hệ rộng để giúp đỡ, tìm hiểu thông tin. Qua giới thiệu của Hồ Hữu Hòa, ông Nguyễn Duy Linh (thời điểm đó là Phó Tổng cục trưởng Tổng cục Tình báo) đồng ý nói chuyện với Vũ qua điện thoại nhiều lần.
Ông Nguyễn Duy Linh biết Vũ đang bị Cơ quan an ninh điều tra triệu tập làm việc, báo chí liên tục đăng tin về sai phạm liên quan đến Phan Văn Anh Vũ. Ông Linh được tham dự cuộc họp của lãnh đạo Tổng cục Tình báo cho ý kiến xử lý ban đầu đối với những sai phạm của Phan Văn Anh Vũ.
Tuy nhiên, từ sự kết nối của Hồ Hữu Hòa, ông Linh đã trực tiếp nói chuyện điện thoại với Vũ nhiều lần. Kết luận điều tra cáo buộc, sau khi nói chuyện với Vũ xong, bị can Nguyễn Duy Linh đã tác động vào Hồ Hữu Hòa để đẩy nhanh tiến độ.
Theo cáo buộc, đến ngày 16/8/2017, bị can Phan Văn Anh Vũ giao 5 tỉ đồng cho lái xe để đưa cho Hồ Hữu Hòa. Tiếp đó Hòa đưa tiền cho một người khác rồi giao cho Hoàng Nam Trung để vào phòng làm việc của ông Nguyễn Duy Linh.
Sau đó vào các ngày 28 và 29/8/2017, ông Linh tiếp tục gọi điện cho Hòa, đôn đốc Phan Văn Anh Vũ chuyển thêm tiền để lo công việc. Kết quả, Vũ đã 4 lần chuyển thêm “quà” cho Nguyễn Duy Linh.
Kết luận điều tra cho rằng, ban đầu ông Linh không thừa nhận quen biết và liên hệ với Vũ. Ông Linh cũng khai không được Vũ tặng tiền, quà hay đồ vật gì. Sau ngày 14/10/2020, khi cơ quan điều tra có chứng cứ thu thập được, ông Linh mới thừa nhận có trao đổi với Vũ qua điện thoại nhưng chỉ để hỏi thăm. Ông cũng thừa nhận được Vũ "đặt vấn đề quan hệ" để nắm thông tin. Sau đó, ông Linh thay đổi lời khai, nói nhận từ Vũ rượu, xì gà... nhưng không biết nhãn hiệu gì, không biết giá trị bao nhiêu. Từ khi bị bắt tạm giam, bị can Nguyễn Duy Linh vẫn chưa thành khẩn khai báo về những hành vi vi phạm pháp luật của mình cũng như đồng phạm...
Cơ quan điều tra kết luận hành vi của Nguyễn Duy Linh đủ yếu tố cấu thành tội "Nhận hối lộ" được quy định tại khoản 4 điều 354 Bộ luật hình sự năm 2015.