Được thành lập trên cơ sở sáp nhập 3 Cục chức năng trước đó: Cục Y tế dự phòng, Cục Quản lý môi trường y tế và Cục Phòng chống HIV/AIDS, Cục Phòng bệnh của Bộ Y tế là 1 trong 20 đơn vị của Bộ Y tế theo quy định tại Nghị định 42 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ Y tế.
Theo đó, Bộ Y tế đã ban hành Quyết định 734/QĐ-BYT 2025 quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức Cục Phòng bệnh.
Cục Phòng bệnh là cục chuyên ngành thuộc Bộ Y tế, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng Bộ Y tế quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật về lĩnh vực phòng bệnh trong phạm vi cả nước, bao gồm: phòng, chống bệnh truyền nhiễm, HIV/AIDS, bệnh không lây nhiễm; kiểm dịch y tế biên giới; hoạt động tiêm chủng, sử dụng vaccine; xét nghiệm thuộc lĩnh vực phòng bệnh, an toàn sinh học tại phòng xét nghiệm; dinh dưỡng cộng đồng; chăm sóc sức khỏe ban đầu và nâng cao sức khỏe cho người dân tại cộng đồng; điều trị nghiện các chất dạng thuốc phiện;
Phòng chống tác hại rượu, bia và thuốc lá; vệ sinh sức khỏe môi trường, chất lượng nước sạch sử dụng cho mục đích sinh hoạt; sức khỏe trường học; vệ sinh lao động phòng, chống bệnh nghề nghiệp; phòng, chống thương tích; quản lý hóa chất, chế phẩm diệt côn trùng, diệt khuẩn dùng trong lĩnh vực gia dụng và y tế; quản lý chất thải y tế, bảo vệ môi trường trong khuôn viên cơ sở y tế; phát triển, nâng cao năng lực của hệ thống; quản lý nhà nước các dịch vụ công thuộc lĩnh vực phòng bệnh.

Theo quy định tại Quyết định 734/QĐ-BYT của Bộ Y tế, Cục Phòng bệnh có 16 chức năng, nhiệm vụ... (ảnh tiêm chủng vaccine cho người dân).
Cục Phòng bệnh có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng, có trụ sở làm việc tại TP Hà Nội.
Về tổ chức và cơ chế hoạt động của Cục Phòng bệnh, quy định của Bộ Y tế nêu rõ gồm: Lãnh đạo Cục: gồm Cục trưởng và các Phó Cục trưởng.
Cơ cấu tổ chức gồm 9 phòng chức năng, cụ thể: Văn phòng Cục; Phòng Kế hoạch - Tài chính; Phòng Kiểm soát bệnh truyền nhiễm; Phòng Kiểm soát bệnh không lây nhiễm và Dinh dưỡng; Phòng Kiểm soát HIV và bệnh truyền nhiễm mạn tính; Phòng Điều trị HIV/AIDS và nghiện chất; Phòng Quản lý tiêm chủng Quốc gia; Phòng Sức khỏe môi trường cộng đồng và lao động; Phòng Y tế trường học và Môi trường y tế.
Theo quy định tại Quyết định 734/QĐ-BYT của Bộ Y tế, Cục Phòng bệnh có 16 chức năng, nhiệm vụ, cụ thể:
- Chủ trì, phối hợp xây dựng, sửa đổi, bổ sung các văn bản quy phạm pháp luật, chế độ, chính sách về lĩnh vực phòng bệnh, trình cấp có thẩm quyền ban hành và chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, giám sát việc thực hiện;
- Chủ trì xây dựng chiến lược, quy hoạch, kế hoạch, chương trình, dự án, đề án, hoạt động về lĩnh vực được phân công, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt và chỉ đạo, tổ chức triển khai, hướng dẫn thực hiện sau khi được phê duyệt;
- Chủ trì, phối hợp xây dựng, sửa đổi, bổ sung các quy định phân tuyến kỹ thuật, các quy định chuyên môn, các tiêu chuẩn quốc gia, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia, định mức kinh tế - kỹ thuật và các tiêu chuẩn kỹ thuật về lĩnh vực phòng bệnh trình cấp có thẩm quyền ban hành và chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra, giám sát việc thực hiện.
- Quản lý, chỉ đạo hoạt động phòng bệnh trên phạm vi cả nước, bao gồm: Phòng, chống các bệnh truyền nhiễm; Phòng, chống các bệnh không lây nhiễm và dinh dưỡng cộng đồng; Quản lý hoạt động tiêm chủng; Xét nghiệm thuộc lĩnh vực y tế dự phòng và an toàn sinh học trong xét nghiệm; Chăm sóc sức khỏe ban đầu, nâng cao sức khỏe cộng đồng; Kiểm soát HIV và bệnh truyền nhiễm mạn tính; Điều trị HIV/AIDS và điều trị nghiện chất; Vệ sinh sức khỏe môi trường, chất lượng nước sạch sử dụng cho mục đích sinh hoạt; Kiểm soát tác động của ô nhiễm môi trường đến sức khỏe con người; Công tác y tế trường học; Vệ sinh lao động, phòng, chống bệnh nghề nghiệp; Phòng, chống thương tích tại cộng đồng; Quản lý hóa chất, chế phẩm diệt côn trùng, diệt khuẩn dùng trong lĩnh vực gia dụng và y tế; Quản lý chất thải y tế, bảo vệ môi trường trong khuôn viên cơ sở y tế; Chứng nhận hợp quy đối với thuốc lá; Phát triển hệ thống:
- Thường trực, đầu mối thực hiện các nhiệm vụ có tính chất liên ngành, quốc tế: Giúp Bộ trưởng làm thường trực về lĩnh vực phòng, chống HIV/AIDS của Ủy ban Quốc gia phòng, chống AIDS, ma túy, mại dâm; Thường trực Ban phòng, chống AIDS, ma túy, mại dâm của Bộ Y tế; Đầu mối thực hiện Điều lệ Y tế quốc tế tại Việt Nam; quản lý chỉ đạo Hệ thống đáp ứng khẩn cấp phòng, chống dịch bệnh và sự kiện y tế công cộng quốc gia (EOC);
- Đầu mối tổng hợp nhu cầu, xây dựng danh mục dự trữ Quốc gia liên quan công tác phòng, chống dịch bệnh; tổng hợp nhu cầu, xây dựng danh mục, tổ chức việc mua, tiếp nhận, bảo quản, phân bổ, điều tiết thuốc dự phòng, thuốc kháng HIV, hóa chất, vật tư, thiết bị, vật dụng đặc thù để dự phòng cho công tác phòng chống dịch bệnh.
- Chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan xây dựng danh mục, tổng hợp nhu cầu và tổ chức việc mua, tiếp nhận, bảo quản, cung ứng vaccine phục vụ công tác phòng chống dịch và Chương trình tiêm chủng mở rộng.
- Chỉ đạo, tập huấn, hướng dẫn và tổ chức thực hiện các hoạt động thông tin, giáo dục, truyền thông thuộc lĩnh vực phòng bệnh.
- Chỉ đạo, hướng dẫn và tổ chức thực hiện đào tạo, tập huấn về lĩnh vực phòng bệnh.
- Quản lý dữ liệu và làm đầu mối cung cấp thông tin, tổng hợp, báo cáo định kỳ, đột xuất về lĩnh vực phòng bệnh trong cả nước theo quy định của pháp luật; hướng dẫn, đôn đốc, giám sát việc thực hiện chế độ thông tin, báo cáo dữ liệu thuộc lĩnh vực phòng bệnh.

Kiểm dịch y tế.
- Chủ trì, phối hợp với các Vụ, Cục, Văn phòng Bộ, Thanh tra Bộ và các đơn vị liên quan trong việc chỉ đạo các hoạt động chuyên môn của các Viện và các đơn vị thuộc hệ thống y tế dự phòng.
- Thực hiện công tác kiểm tra, giám sát lĩnh vực phòng bệnh theo quy định của pháp luật.
- Thực hiện công tác pháp chế, công tác cải cách hành chính, các hoạt động nghiên cứu khoa học, ứng dụng công nghệ thông tin, chuyển đổi số, trí tuệ nhân tạo và hợp tác quốc tế trong lĩnh vực được phân công.
- Chủ trì quản lý, chỉ đạo, điều phối và tổ chức triển khai các chương trình, dự án trong lĩnh vực phòng bệnh.
- Quản lý tổ chức, công chức, viên chức, người lao động, tài sản, kinh phí được giao theo quy định của pháp luật và phân cấp của Bộ trưởng Bộ Y tế.
- Thực hiện các nhiệm vụ khác do Bộ trưởng Bộ Y tế giao...