Để đối phó với cơn bão Côn Sơn có sức gió mạnh nhất vùng gần tâm bão mạnh cấp 12, cấp 13 (tức là từ 118 - 149km một giờ), giật cấp 14, cấp 15, trong hai ngày 13 và 14/7, Bộ Y tế đã có liên tiếp 2 công điện khẩn yêu cầu các địa phương ven biển từ Quảng Ninh đến Khánh Hòa chủ động triển khai công tác y tế để đối phó với những diễn biến phức tạp của cơn bão; rà soát, lên phương án sơ tán, di dời cơ sở y tế khi xảy ra ngập lụt, sập đổ để nhanh chóng thu dung cấp cứu, điều trị nạn nhân trong mọi tình huống. Bảo đảm cho các cơ sở y tế hoạt động an toàn, không để người bệnh, nhân viên y tế bị thiệt mạng do lũ, bão; không để hư hỏng, thất thoát thuốc, hóa chất, máy móc thiết bị y tế... Phối hợp chặt chẽ với cơ quan quân sự địa phương làm tốt công tác kết hợp quân dân y trong phòng, chống và khắc phục hậu quả do bão lũ gây ra...
Bộ Y tế cũng yêu cầu Sở Y tế các địa phương nằm trong vùng phân lũ phải lập kế hoạch bố trí các trạm cấp cứu bám sát các khu vực dân cư tạm sơ tán với đầy đủ cán bộ y tế, thuốc và phương tiện cấp cứu... Các bệnh viện, cơ sở điều trị tổ chức các đội cấp cứu lưu động với đầy đủ cán bộ chuyên môn, thuốc, thiết bị y tế và phương tiện đi lại; ứng trực cấp cứu 24/24 giờ..