Với một vài loại kháng sinh đặc biệt, đó là một vấn đề khá lớn. Metronidazole, tinidazole, và trimethoprim-sulfamethoxazole không bao giờ được dùng chung với rượu, dù chỉ một chút vì sự kết hợp này có thể gây ra phản ứng khó chịu gồm đau đầu, đỏ bừng, tim đập nhanh, buồn nôn và nôn. (Một số thuốc cảm lạnh có chứa rượu, vì vậy cần đọc nhãn thuốc cẩn thận trước khi dùng).
Đối với những loại kháng sinh khác, nhấp nháp một chút rượu nói chung sẽ không cản trở hiệu quả của chúng mặc dù một số người có thể thấy tác dụng phụ thông thường của thuốc (đau bụng, chóng mặt, buồn ngủ) tăng lên khi uống rượu.
Tuy nhiên, có nhiều lý do chính đáng lý giải tại sao nhiều bác sĩ thường cảnh báo tránh uống lẫn kháng sinh và rượu. Nếu uống quá nhiều rượu có thể làm suy giảm hệ miễn dịch của bạn, khiến bạn mệt mỏi và mất nước. Vì vậy, nếu bạn đang bị bệnh và cần phải dùng kháng sinh, 1 ly rượu vang sẽ không giúp bạn bình phục nhanh hơn.