Theo tờ trình, trên cơ sở lựa chọn sơ bộ về công nghệ, kỹ thuật, quy mô đầu tư, tham khảo suất đầu tư các dự án đường sắt tốc độ cao đã và đang triển khai trên thế giới, sơ bộ tổng mức đầu tư dự án khoảng 1.713.548 tỷ đồng (khoảng 67,34 tỷ USD). Ước tính chi phí bồi thường, hỗ trợ tái định cư khoảng 150.148 tỷ đồng; chi phí xây dựng 846.014 tỷ đồng; chi phí thiết bị 280.771 tỷ đồng, chi phí quản lý dự án 20.282 tỷ đồng…
Tờ trình cũng nêu rõ, tuyến đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam dự kiến đầu tư công trình tuyến khoảng 60% là cầu, 10% là hầm và 30% là nền đất nên suất đầu tư dự án khoảng 43,7 triệu USD/km. Chính phủ nêu rõ đây là mức trung bình so với một số tuyến đường sắt tốc độ cao trên thế giới có cùng dải tốc độ khai thác khi quy đổi về thời điểm năm 2024.
Chi phí giải phóng mặt bằng khoảng 5,9 tỉ USD sẽ từ NSTƯ. Để giảm gánh nặng cho ngân sách, Chính phủ đề xuất nguồn thu từ quỹ đất vùng phụ cận nhà ga nộp vào NSTƯ 50%, còn lại chính quyền cấp tỉnh được giữ lại 50%. Dự kiến nguồn vốn NSNN bố trí trong các kỳ kế hoạch đầu tư công trung hạn để đầu tư hoàn thành dự án vào năm 2035.
Để thực hiện thành công và sớm hoàn thành dự án, Chính phủ đề xuất các chính sách nhằm bảo đảm khả thi và đẩy nhanh tiến độ thực hiện, huy động nguồn lực đầu tư; phân cấp phân quyền đầu tư; đào tạo nguồn nhân lực; phát triển công nghiệp. Chính phủ đề xuất 19 chính sách đặc thù, chia thành các nhóm, cụ thể:
Chính sách về cơ cấu nguồn vốn cho dự án; Bố trí vốn và điều chỉnh kế hoạch đầu tư công để bố trí vốn; Thẩm định khả năng cân đối vốn; Phát triển, khai thác quỹ đất và giá trị tăng thêm từ đất vùng phụ cận ga đường sắt tốc độ cao; Khai thác khoáng sản làm vật liệu xây dựng thông thường phục vụ dự án; Bãi đổ chất thải rắn xây dựng; Phát triển KHCN và tuyển dụng nguồn nhân lực; Phát triển công nghiệp và chuyển giao công nghệ; Phân chia dự án thành phần; Thẩm quyền quyết định điều chỉnh chủ trương đầu tư, điều chỉnh dự án;
Chính sách về lựa chọn phương án kiến trúc nhà ga; Công tác bồi thường, hỗ trợ tái định cư, giải phóng mặt bằng; Lập thiết kế kỹ thuật tổng thể thay cho thiết kế cơ sở trong báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án; Chuyển mục đích sử dụng rừng sang mục đích khác và tạm sử dụng rừng; Định mức, khoản mục chi phí; Bố trí vốn cho dự án; Cơ chế, chính sách bảo đảm quốc phòng, an ninh; phòng chống tham nhũng, tiêu cực; Ban hành nghị quyết chứa quy phạm pháp luật để hướng dẫn triển khai các cơ chế, chính sách đặc thù, đặc biệt của dự án; Bổ sung cơ chế, chính sách đặc thù, đặc biệt sau khi Quốc hội quyết định chủ trương đầu tư dự án.