Fluconazole là thuốc được dùng trong các trường hợp sau: điều trị các bệnh nấm Candida ở miệng - họng, thực quản, âm hộ - âm đạo và các bệnh nhiễm nấm Candida toàn thân khác; Một số bệnh nấm da (nấm da đầu, thân, đùi, chân…) gây ra bởi Epidermophyton, Microsporum, Trichophyto; dự phòng nhiễm nấm Candida cho bệnh nhân ghép tạng (ghép tủy, ghép gan…), bệnh nhân ung thư và phòng các bệnh nhiễm nấm trầm trọng ở người bệnh nhiễm HIV.
Thuốc được dùng theo đường uống hoặc truyền tĩnh mạch. Tuy nhiên, chỉ truyền tĩnh mạch cho người bệnh không dung nạp hoặc không thể dùng thuốc bằng đường uống và việc dùng thuốc theo đường tĩnh mạch phải được thực hiện tại cơ sở y tế. Đối với dạng thuốc uống, thời điểm uống fluconazole không liên quan đến bữa ăn (nghĩa là thức ăn không ảnh hưởng tới sự hấp thu thuốc nên có thể uống thuốc vào lúc nào cũng được). Liều dùng và thời gian điều trị bác sĩ sẽ tùy thuộc vào dạng và mức độ bệnh, loại nấm gây bệnh, chức năng thận và đáp ứng của người bệnh với thuốc. Việc điều trị phải liên tục cho đến khi biểu hiện lâm sàng và xét nghiệm chứng tỏ bệnh đã khỏi hẳn. Nếu người bệnh tự ý bỏ thuốc, điều trị không đủ thời gian có thể làm cho bệnh tái phát.
Cần lưu ý, chỉ dùng fluconazole khi người bệnh không dung nạp các thuốc trị nấm thông thường hoặc khi các thuốc trị nấm thông thường này không có tác dụng. Trong quá trình dùng thuốc, người bệnh có thể gặp các tác dụng phụ không mong muốn của thuốc (hay xảy ra hơn ở những người bệnh dùng thuốc trên 7 ngày). Các tác dụng phụ thường gặp như đau đầu, chóng mặt, buồn nôn, nôn, đau bụng, tiêu chảy, nổi ban da, ngứa. Ngoài ra, ở người nhiễm HIV và ung thư hay gặp biểu hiện da bị tróc vảy... Đây là những tác dụng phụ mà người bệnh dễ nhận biết. Trong quá trình dùng thuốc nếu thấy có các biểu hiện trên người bệnh cần thông báo cho bác sĩ điều trị biết để được xử trí kịp thời, thích hợp vì có những trường hợp gặp tác dụng phụ nặng cần phải ngừng thuốc.
Đối với người mang thai, hiện vẫn chưa có các nghiên cứu đầy đủ và có kiểm soát chặt chẽ về việc dùng fluconazol cho đối tượng này, nhưng thực tế đã có thông báo về dị dạng bẩm sinh tại nhiều bộ phận ở trẻ có mẹ dùng fluconazol liều cao để điều trị nấm trong 3 tháng đầu thai kỳ. Vì vậy, chỉ nên dùng thuốc này cho người mang thai khi lợi ích điều trị lớn hơn nguy cơ có thể xảy ra cho thai nhi. Phụ nữ cho con bú cũng không nên dùng thuốc này.