Tuy nhiên, atropin còn được dùng để ức chế tác dụng của hệ thần kinh đối giao cảm trong nhiều trường hợp như: rối loạn bộ máy tiêu hóa; ức chế khả năng tiết acid dịch vị trong loét dạ dày - hành tá tràng; giảm tình trạng co thắt đại tràng, giảm tiết dịch trong hội chứng kích thích ruột; điều trị triệu chứng tiêu chảy cấp hoặc mạn tính do tăng nhu động ruột và các rối loạn khác có co thắt cơ trơn như cơn đau co thắt đường mật, đường tiết niệu (cơn đau quặn thận); cơn co thắt phế quản, điều trị ngộ độc phospho hữu cơ hay dùng trước khi phẫu thuật nhằm tránh bài tiết quá nhiều nước bọt và dịch ở đường hô hấp và để ngừa các tác dụng của đối giao cảm (loạn nhịp tim, hạ huyết áp, chậm nhịp tim) xảy ra trong khi phẫu thuật, phòng say tàu xe...
Như vậy, rất nhiều tình trạng bệnh cần đến sự trợ giúp của atropin. Chỉ có điều người bệnh cần phải dùng dưới sự kê đơn và hướng dẫn của bác sĩ. Nếu dùng không cẩn thận, quá liều rất dễ gây ngộ độc. Trẻ em và người cao tuổi dễ bị tác dụng phụ độc hại của thuốc nên cần rất thận trọng ở những đối tượng này.
Một số bất lợi của thuốc thường xảy ra như: khô miệng, khó nuốt, khó phát âm, khát, sốt, giảm tiết dịch ở phế quản hay giãn đồng tử, mất khả năng điều tiết của mắt, sợ ánh sáng. Trên tim mạch có thể xảy ra hiện tượng chậm nhịp tim thoáng qua, sau đó là nhịp tim nhanh, trống ngực và loạn nhịp hoặc lú lẫn, hoang tưởng, dễ bị kích thích... Mặc dù ít gặp hơn nhưng người bệnh cũng cần cảnh giác với hiện tượng phản ứng dị ứng da, giảm trương lực và nhu động của ống tiêu hóa dẫn đến táo bón hoặc tiểu khó... Cần báo cho bác sĩ biết khi gặp bất kỳ triệu chứng khác thường nào. Trong trường hợp quá liều gây ngộ độc với các biểu hiện như: giãn đồng tử, nhịp tim nhanh, thở nhanh, sốt cao, hệ thần kinh trung ương bị kích thích (bồn chồn, lú lẫn, hưng phấn, các phản ứng rối loạn tâm thần và tâm lý, hoang tưởng, mê sảng, đôi khi co giật)... người bệnh cần được đưa đi cấp cứu, giải độc và có các biện pháp điều trị hỗ trợ kịp thời.