Bão lụt có thể sẽ làm cho các công trình vệ sinh bị ảnh hưởng nặng, thậm chí làm hư hỏng kèm theo mưa sẽ đưa các chất bẩn, rác thải trôi dạt đến nhiều nơi. Trong các chất bẩn đó có vô vàn các loại vi sinh vật gây bệnh gồm vi khuẩn, virus và ký sinh trùng.
Cán bộ y tế hướng dẫn người dân cách bảo vệ nguồn nước khi mưa lũ xảy ra.
Vi khuẩn gây bệnh đường ruột, nhất là gây bệnh tiêu chảy chủ yếu do các loại vi khuẩn đường ruột như vi khuẩn thương hàn, E.Coli, lỵ trực khuẩn, campylobacter, proteus, enterobacter và không thể không kể đến vi khuẩn tả. Đối với ký sinh trùng thì phải kể đến lỵ amíp, các loại trứng giun như trứng giun đũa, trứng giun móc. Hầu hết các vi sinh vật gây bệnh này có rất nhiều trong phân, đất, nước, không khí.
Lũ lụt sẽ kéo theo mầm bệnh rải đi khắp nơi. Đồng thời, bão, lụt cũng làm cho người dân sẽ rất thiếu thốn về nguồn nước sử dụng trong sinh hoạt, vậy nên khi dùng nước đã bị nhiễm bẩn thì nguy cơ cao mắc bệnh đường ruột, nhất là bệnh tiêu chảy rất khó tránh khỏi.
Trước hết, cần lưu tâm đến giải quyết vệ sinh nguồn nước sinh hoạt. Đây là một việc làm hết sức cần thiết bởi vì giải quyết nguồn nước hợp vệ sinh để cho dân sử dụng là một việc làm không dễ dàng gì trong điều kiện vừa xảy ra bão, mưa, lũ lụt. Các vùng, miền chưa có nước máy thì cần thau, rửa, vệ sinh sạch sẽ giếng khơi. Nếu dùng nước ao, hồ, sông, suối thì cần được làm trong và khử khuẩn trước khi sử dụng.
Để làm trong nước, cần 1 cục phèn chua bằng nửa đốt ngón tay cho vào 1 gáo nước làm tan phèn rồi đổ gáo nước đó vào xô nước khoảng 25 lít, khuấy thật đều, chờ khoảng 30 phút để lắng cặn, gạn lấy phần nước trong ở phía trên, sau đó cho vào 1 viên cloraminB có hàm lượng 0,25g (viên cloramin này sẽ cho vào 1 gáo nước làm tan hết) rồi đổ vào xô nước đã được làm trong. Nếu không có viên cloraminB thì dùng loại bột cloraminB cũng được. Nếu dùng loại bột thì chỉ cần 1/3 thìa canh có thể dùng để khử khuẩn cho 300ml nước sau khi nước đã làm trong.
Nước đã được khử khuẩn bằng cloraminB thì dùng để đun nấu thức ăn và tắm giặt hằng ngày. Nếu muốn uống thì phải đun sôi. Nếu địa phương nào, gia đình nào dùng nước giếng khoan thì sau bão, lụt cần vệ sinh máy bơm thật sạch sẽ. Nếu dùng giếng khơi thì cần bơm hết nước bẩn trong giếng, nhất là các giếng bị ngập nước, vệ sinh sạch sẽ và sau khi có nước cũng cần lọc và khử khuẩn như cách trên. Cố gắng quản lý tốt chất thải, đặc biệt là các loại chất thải như phân, nước tiểu, chất thải công nghiệp, chất thải bệnh viện, không cho mầm bệnh lây lan ra môi trường xung quanh.
Những ao tù, nước đọng cần được khơi thông. Phát động mọi người dân tự giác vệ sinh trong từng gia đình, từng ngõ xóm làm sao để cho môi trường sống phong quang, sạch sẽ nhằm hạn chế đến mức tối đa mầm bệnh phát triển. Tuyệt đối không ăn rau sống, không uống nước lã, không ăn tiết canh, nem chua, nem chạo, không đi vệ sinh bừa bãi. Không nên tắm ở ao, hồ, sông, suối vừa bị lũ, lụt. Khi cần thiết làm việc ở môi trường dưới nước thì không ngâm mình dưới nước thời gian lâu. Cần phổ biến rộng rãi trong nhân dân rửa tay trước khi ăn cũng như chế biến thực phẩm.
Để chủ động phòng tránh dịch bệnh trong mùa mưa bão, Cục Y tế dự phòng - Bộ Y tế khuyến cáo người dân thực hiện các biện pháp phòng bệnh như sau:
1. Đảm bảo lựa chọn thực phẩm và chế biến thực phẩm an toàn, hợp vệ sinh, ăn thức ăn nấu chín và nước đun sôi.
2. Thường xuyên rửa tay với xà phòng trước và sau khi chế biến thực phẩm, trước khi ăn và sau khi đi vệ sinh.
3. Vệ sinh cá nhân hàng ngày, rửa chân sạch và lau khô các kẽ ngón chân sau khi tiếp xúc với nước lũ, nước bị nhiễm bẩn.
4. Tiêu diệt lăng quăng/bọ gậy, diệt muỗi bằng cách đậy kín các bể, thùng chứa nước, thả cá vào dụng cụ chứa nước lớn, loại bỏ các phế thải như chai, lọ, lốp ôtô... hoặc các hốc nước tự nhiên để không cho muỗi đẻ trứng
5. Mắc màn khi ngủ kể cả ban ngày
6. Thau rửa bể nước, giếng nước, dụng cụ chứa nước và dùng hóa chất để khử trùng nước ăn uống và sinh hoạt theo hướng dẫn của nhân viên y tế.
7. Thực hiện nguyên tắc nước rút đến đâu làm vệ sinh đến đấy, thu gom, xử lý và chôn xác súc vật theo hướng dẫn của nhân viên y tế.
8. Khi có dấu hiệu nghi ngờ nhiễm bệnh, cần đến khám và điều trị tại các cơ sở y tế gần nhất.