Cảng hàng không Thọ Xuân, Thanh Hóa được đưa vào khai thác hàng không dân dụng từ tháng 2/2013. Ban đầu khai thác 5 chuyến/tuần với 1 đường bay Thanh Hóa - TP. Hồ Chí Minh do Vietnam Airlines khai thác. Sau 10 năm, các hãng hàng không Vietnam Airlines, VietJet Air, Bamboo Airways, Pacific Airline khai thác 9 đường bay nội địa kết nối Thanh Hóa với TP. Hồ Chí Minh, Nha Trang, Cần Thơ, Đà Nẵng, Buôn Ma Thuột, Phú Quốc, Bình Định, Côn Đảo, Đà Lạt, góp phần tạo điều kiện đi lại thuận lợi cho nhân dân, thúc đẩy phát triển kinh tế xã hội của tỉnh.
Trong thời gian cao điểm dịp Tết và hè năm 2023, các hãng hàng không đã khai thác hết công suất các đường bay kết nối Thanh Hóa với TP. Hồ Chí Minh, Nha Trang, Cần Thơ, Phú Quốc, Buôn Ma Thuột, Đà Lạt.
Tuy nhiên, đến thời điểm hiện nay, Vietnam Airlines, VietJet Air đang khai thác 1 đường bay Thanh Hóa - TP. Hồ Chí Minh với tần suất 8 - 10 chuyến/ngày (Vietnam Airlines bay 2-3 chuyến/ngày, VietJet Air bay 6-8 chuyến/ngày). Hãng Pacific Airlines chỉ khai thác thời gian cao điểm dịp Tết, Bamboo Airways tạm dừng khai thác từ cuối tháng 10/2023 và đến nay đã khai thác trở lại với tần suất 3 chuyến/tuần và trong thời gian tới sẽ duy trì bay thường xuyên hàng ngày.
Vì nhiều lý do, kinh doanh không thuận lợi, lượng khách chủ yếu tập trung vào dịp hè Tết Nguyên đán, các tháng còn lại tỉ lệ ghế trống lớn khiến các hãng bay lần lượt rời khỏi Cảng hàng không Thọ Xuân và chưa có kế hoạch mở lại tuyến trong thời gian sắp tới.
Để hỗ trợ các hãng hàng không mở đường bay tại Cảng hàng không Thọ Xuân, trong năm 2023, Thanh Hóa bố trí nguồn kinh phí 6,0 tỷ để hỗ trợ các hãng hàng không khi mở đường bay mới. Tuy nhiên, đến gần cuối năm 2023, chưa có hãng hàng không nào đề nghị mở thêm đường bay mới.
Hiện nay, nhu cầu đi lại của nhân dân trong tỉnh Thanh Hóa, các tỉnh, thành phố phía Nam và khu vực Tây Nguyên (Thành Phố Hồ Chí Minh, Cần Thơ, Khánh Hòa, Đắc Lắc, Gia Lai…) về quê thăm thân dịp trước, trong và sau Tết năm 2024 qua Cảng hàng không Thọ Xuân đang tăng lên.
Tỉnh Thanh Hóa đề nghị các hãng hàng không Vietnam Airlines, VietJet Air, Bamboo Airways, Pacific Airlines khôi phục khai thác các đường bay đang tạm dừng khai thác như: Thanh Hóa - Cần Thơ, Thanh Hóa - Nha Trang, Thanh Hóa - Buôn Ma Thuột, Thanh Hóa - Đà Lạt, Thanh Hóa - Phú Quốc…. Đồng thời xây dựng kế hoạch tăng chuyến bay đường bay Thanh Hóa – TP. Hồ Chí Minh. Bố trí các giờ bay đêm để đáp ứng nhu cầu đi lại của hành khách, điều hành lịch bay hạn chế tối đa việc chậm chuyến, hủy chuyến đặc biệt trong dịp cao điểm Tết năm 2024.
Thanh Hóa đề nghị Tổng Công ty Cảng hàng không Việt Nam, Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam, Cảng vụ Hàng không Miền Bắc, các hãng hàng không và các Công ty cung cấp dịch vụ hàng không chỉ đạo các cơ quan, đơn vị trực thuộc tại Cảng hàng không Thọ Xuân có kế hoạch bổ sung nhân lực, các trang thiết bị để tăng cường phục vụ các chuyến bay đêm (khung thời gian sau 23h hàng ngày) bảo đảm an ninh, an toàn và phục vụ tốt nhất nhu cầu đi lại của Nhân dân trong dịp cao điểm trước, trong và sau Tết năm 2024.
Trước thời điểm đại dịch COVID -19 xảy ra, Cảng hàng không Thọ Xuân là một trong những cảng có tốc độ tăng trưởng hành khách nhanh nhất cả nước. Lượng hành khách qua Cảng năm 2019 đạt 1,05 triệu lượt.
Từ năm 2020, mặc dù ảnh hưởng bởi đại dịch COVID -19 nhưng lượng hành khách qua Cảng vẫn tăng so với trước dịch. Cụ thể, năm 2020 đạt 1,21 triệu lượt, năm 2021 đạt 810 nghìn lượt, năm 2022 đạt 1,6 triệu lượt, 10 tháng năm 2023 đạt 1,06 triệu lượt (giảm 23% so với cùng kỳ năm 2022), dự kiến đến hết năm 2023 lượng hành khách qua Cảng đạt 1,2 triệu lượt, giảm 25% so với năm 2022.