Tiền thân của Bệnh viện Phục hồi chức năng Nghệ An là Trạm dưỡng thương bệnh binh, được thành lập vào ngày 15/7/1954, đóng tại xã Nghi Khánh, huyện Nghi Lộc, tỉnh Nghệ An. Từ 1961 - 1964, trạm được chuyển ra xã Diễn An, huyện Diễn Châu.
Trạm dưỡng thương đã tiếp nhận điều trị, điều dưỡng cho hàng nghìn thương - bệnh binh và cũng là một cơ sở y tế phục vụ người bệnh trong thời chiến. Để tránh sự tàn phá của chiến tranh, Trạm dưỡng thương được chuyển lên đóng tại xã Lam Sơn, huyện Đô Lương (từ năm 1965 - 1975).
Người bệnh khi đến Bệnh viện Phục hồi chức năng Nghệ An được lo từng bữa ăn
Năm 1976 Trạm dưỡng thương đổi tên thành “Viện điều dưỡng” chuyển về đóng tại xã Nghi Hương, huyện Nghi Lộc (1976 – 1981). Năm 1982, Viện Điều dưỡng được chuyển về thị trấn Cửa Lò, huyện Nghi Lộc.
Ngày 9/7/1999, UBND tỉnh Nghệ An đã ra Quyết định số 2202/QĐ-UB.TCCQ thàng lập “Bệnh viện Điều dưỡng - Phục hồi chức năng Nghệ An” trên cơ sở Viện Điều dưỡng. Ngày 7/11/2014, UBND tỉnh Nghệ An ra Quyết định số 85/2014/QĐ-UBND đổi tên thành “Bệnh viện Phục hồi chức năng Nghệ An”.
Hiện nay, Bệnh viện Phục hồi chức năng Nghệ An được xây dựng khang trang với 3 tòa nhà 4 tầng, 2 tòa nhà 2 tầng, 2 dãy nhà 1 tầng cơ bản đã đáp ứng được nhu cầu của người bệnh.
Bệnh viện Phục hồi chức năng Nghệ An là một trong những đơn vị đầu tiên trong tỉnh cũng như trong nước đã đăng ký tự chủ hoàn toàn về chi ngân sách thường xuyên.
Bệnh viện hiện có 16 khoa, phòng, trong đó có với 9 khoa chuyên môn, 7 phòng chức năng. Hằng năm, bệnh viện đã đón tiếp, khám chữa bệnh và PHCN cho gần 7.000 ngàn lượt bệnh nhân đến điều trị và PHCN nội trú tại bệnh viện.
Hiện tại bệnh viện có 53 bác sĩ, 146 điều dưỡng - KTV và các nhân viên kỹ thuật khác. Hằng năm, bệnh viện tổ chức bồi dưỡng, đào tạo và đào tạo lại kiến thức chuyên môn và nâng cao tay nghề cho cán bộ viên chức.
Từ đầu năm 2017 đến nay, bệnh viện đã mời các chuyên gia đầu ngành PHCN, thần kinh... như: Giáo sư, Tiến sỹ Cao Minh Châu - nguyên Chủ nhiệm bộ môn PHCN Đại học Y Hà Nội, nay là Tổng Thư ký Hội PHCN Việt Nam; GS.TS Nguyễn Văn Chương - nguyên Chủ nhiệm bộ môn Nội thần kinh Bệnh viện 103, Học viện Quân y; Dược sỹ cao cấp Nguyễn Thị Phương Châm, cùng nhiều chuyên gia khác về YHCT, hồi sức cấp cứu, quản lý chất lượng bệnh viện, dược lâm sàng... về hỗ trợ, giảng dạy, hướng dẫn, thăm khám, điều trị trực tiếp cho người bệnh và đào tạo nhân lực cho cán bộ bệnh viện.