Với nhiệm vụ là điều trị, chăm sóc và nuôi dưỡng người bệnh phong thuộc các tỉnh phía Bắc, bộ đội toàn quân, công nhân viên chức cả nước, làm nghĩa vụ quốc tế cho người bệnh phong các nước bạn Lào, Cam pu chia, các tỉnh giáp biên của Trung Quốc.
Ngày đầu thành lập, Bệnh viện được đặt tên là Trại phong Quỳnh Lập, đến năm 1965 đổi tên thành Khu điều trị Phong Quỳnh Lập, 60 năm đã trải qua các thời kỳ lịch sử đáng ghi nhớ, từ năm 1957 đến năm 1964 nhà cửa khang trang, đường sá nội khu sạch đẹp, cơ sở vật chất được trang bị đầy đủ, bệnh nhân vào viện được nhân viên y tế chăm sóc chu đáo, nhiệt tình, có thể nói bệnh nhân từ cõi chết bỗng chốc được trở lại cuộc sống thiên đường.
Tiếp đến là thời kỳ chiến tranh ác liệt từ năm 1965 đến năm 1974, toàn bộ cơ sở vật chất mới được xây dựng bị sập đổ hoàn toàn sau một trận ném bom của đế quốc Mỹ, trên 200 bệnh nhân phong bị chết, số còn lại phải sống cảnh màn trời, chiếu đất. Sau đó phải hai lần đưa bệnh nhân đi sơ tán tại nơi rừng sâu, nước độc, cán bộ thầy thuốc, bệnh nhân cùng ăn, cùng ở, cùng làm dưới làn mưa bom, bão đạn của kẻ thù.
Năm 1975 đến năm 1989, thời kỳ bao cấp chuyển sang hoạch toán kinh doanh, điều kiện kinh tế-xã hội chưa phát triển, kinh phí Nhà nước có hạn, thiên tai, bão lụt triền miên liên tục đe dọa, ngày 16/8/1989 cơn bão số 7 có gió mạnh trên cấp 12 đã xô đổ toàn bộ nhà cửa, cây cối, hoa màu, đường xá; giao thông bị thiệt hại, hư hỏng nặng nề, khó khăn chống chất khó khăn, tưởng chừng như đơn vị không còn khả năng tồn tại. Sau những năm tháng đầy gian khó đó cho đến nay, nhờ sự quan tâm đầu tư của Bộ Y tế, sự hỗ trợ, giúp đỡ của các tỉnh có bệnh nhân, sự quan tâm của các tổ chức trong và ngoài nước, sự cố gắng của tập thể lãnh đạo cùng viên chức, lao động nên cơ sở dần được khắc phục, nâng cấp về mọi mặt, đời sống của cán bộ và bệnh nhân được cải thiện, đi vào ổn định.
Tháng 10 năm 2000 Bệnh viện được đổi tên thành Bệnh viện Phong-Da liễu Quỳnh Lập, tháng 4 năm 2005 Bộ Y tế ban hành Quyết định số 1428/QĐ-BYT ngày 22/4/2005 quy định Điều lệ tổ chức và hoạt động của Bệnh viện Phong-Da liễu Trung ương Quỳnh Lập với nhiệm vụ là khám, chữa bệnh, phòng bệnh và phục hồi chức năng cho người bệnh phong, người bệnh da liễu ở tuyến cao nhất của khu vực Bắc Trung bộ và các bệnh chuyên khoa khác. Ngày 13/4/2015, Bộ Y tế ban hành Quyết định số 1294/QĐ-BYT quy định Quy chế tổ chức và hoạt động của Bệnh viện Phong- Da liễu Trung ương Quỳnh Lập với chức năng là Cung cấp dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, phòng bệnh và phục hồi chức năng cho người bệnh phong, người bệnh da liễu, người bệnh HIV/AIDS ở tuyến cao nhất của khu vực Bắc Trung bộ và các bệnh đa khoa khác; tổ chức nghiên cứu khoa học, đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, viên chức và chỉ đạo tuyến về lĩnh vực chuyên môn của bệnh viện theo sự phân công của cấp có thẩm quyền và theo quy định của pháp luật.
Lãnh đạo Vụ Thi đua khen thưởng Bộ Y tế trao tặng danh hiệu TTND cho TS.BSCK2 Nguyễn Việt Dương- Giám đốc Bệnh viện.
Trải qua 65 năm hình thành và phát triển các thế hệ thầy thuốc của Bệnh viện Phong-Da liễu Trung ương Quỳnh Lập luôn không ngừng cố gắng và nỗ lực hết mình để hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ mà Đảng, Nhà nước giao phó, đó là tập trung điều trị, chăm sóc và nuôi dưỡng người bệnh phong, đã tiếp nhận trên 3.000 bệnh nhân phong, điều trị khỏi bệnh và xuất viện trên 1.700 bệnh nhân, trong đó có 540 quân nhân, 373 cán bộ, viên chức, 93 bệnh nhân quốc tịch Lào, trên 1.000 lượt bệnh nhân được phục hồi tàn tật bằng phẫu thuật chính hình, trên 3.500 bệnh nhân cụt chân được cấp chân giả và hàng ngàn bệnh nhân được cấp nạng nẹp, xe lăn…
Hiện tại tổ chức bộ máy của Bệnh viện gồm có Ban Giám đốc, 10 khoa Lâm sàng, 05 khoa Cận Lâm sàng và 10 phòng chức năng, với tổng số là 338 công chức, viên chức và người lao động, biên chế là 255/260, trong đó trên đại học là 27 người; cao đẳng, đại học là 232 người; trung cấp là 17 người, còn lại là công nhân kỹ thuật, lái xe, điện nước…là 62 người.
TTND.TS.BSCK2 Nguyễn Việt Dương cùng đoàn Phúc tra bệnh viện thăm người bệnh phong tại BV Quỳnh Lập.
Công tác khám, chữa bệnh ngày càng được quan tâm, cải thiện. Ngoài chuyên khoa Phong - Da liễu, còn có chú tâm phát triển nhiều chuyên khoa khác như Hồi sức cấp cứu, Sản khoa, Nhi, Mắt, Răng Hàm Mặt, Tai Mũi Họng; Phục hồi chức năng…các trang thiết bị Cận lâm sàng được đầu tư hiện đại: máy Xét nghiệm, Nội soi, Siêu âm, chụp X.Quang kỹ thuật số, chụp Cắt lớp vi tính, máy tán sỏi ngược dòng, Điện tim, Điện não, máy Laser…nhân lực được đào tạo nâng cao tay nghề, số lần khám bệnh của nhân dân hàng năm đều tăng lên đáng kể, nhân dân đã tin tưởng, uy tín của Bệnh viện ngày càng được nâng cao.
Lễ xuất quân đoàn bác sĩ chi viện chống dịch tại TP HCM.
Định hướng phát triển đến năm 2025 và tầm nhìn 2030
Phát triển Bệnh viện thành Bệnh viện chuyên khoa sâu về ngành da liễu, phong, phục hồi chức năng cho người bệnh tuyến trung ương; Có cơ sở vật chất, trang thiết bị hiện đại đáp ứng tốt nhiệm vụ khám, chữa bệnh, phòng bệnh và phục hồi chức năng và chỉ đạo tuyến chuyên môn kỹ thuật chuyên ngành Phong, Da liễu và HIV/AIDS; thực hiện nhiệm vụ khám, chữa bệnh các bệnh đa khoa khác cho nhân dân trong khu vực.