Trong điều trị, amitriptylin tôi có thể được sử dụng một mình hoặc phối hợp với các thuốc khác theo chỉ định của bác sĩ, trong từng trường hợp cụ thể và có sự theo dõi sát sao trong quá trình sử dụng thuốc. Vì vậy, người bệnh không được tự ý dùng thuốc, nếu chưa được bác sĩ khám bệnh và kê đơn.
Thông thường khi bác sĩ kê đơn cho bệnh nhân ngoại trú (thường là dạng uống), nhiệm vụ của người bệnh là phải theo dõi những tác dụng không mong muốn, những bất thường có thể xảy ra khi dùng amitriptylin tôi như an thần quá mức, rối loạn điều tiết, mất định hướng, ra mồ hôi, tăng thèm ăn, chóng mặt, đau đầu (các bất lợi này thường được kiểm soát bằng cách giảm liều). Các bất lợi xảy ra trên tim mạch thường nguy hiểm hơn như loạn nhịp tim (nhịp nhanh, đánh trống ngực, blốc nhĩ thất), hạ huyết áp thế đứng và nguy cơ co giật (chủ yếu là điều trị triệu chứng và hỗ trợ). Một số người còn bị giảm tình dục, liệt dương, buồn nôn, táo bón, khô miệng hoặc thay đổi vị giác… Đây là những tác dụng phụ thường gặp nhất, nếu xảy ra người bệnh cần thông báo ngay cho bác sĩ biết để có cách xử lý kịp thời, thích hợp như thay đổi liều dùng, thay đổi thời điểm uống thuốc (ví dụ nếu một liều duy nhất vào lúc đi ngủ sẽ hạn chế được sự mệt mỏi, buồn ngủ và hạ huyết áp thế đứng vào buổi sáng chẳng hạn) hoặc thay thế thuốc khác nếu xảy ra bất lợi nặng nề…
Người bệnh cần hiểu rằng, tác dụng giải lo âu và an thần xuất hiện rất nhanh, còn tác dụng chống trầm cảm có thể trong vòng 3 - 4 tuần điều trị, thậm chí nhiều tuần sau mới thấy được. Ðiều quan trọng là người bệnh phải kiên trì dùng thuốc mới có thể đánh giá kết quả, thường ít nhất là 3 tuần. Nếu tình trạng của mình (hoặc người nhà) không cải thiện trong vòng 1 tháng, cần đi khám để được đánh giá lại tình trạng bệnh.
Khi ngừng thuốc, phải ngừng từ từ vì nếu ngừng thuốc đột ngột sau khi điều trị kéo dài có thể gây đau đầu, buồn nôn, khó chịu toàn thân. Khi giảm liều từ từ, người bệnh cũng có thể gặp các triệu chứng thoảng qua như kích thích, kích động, rối loạn giấc ngủ... nhưng các triệu chứng này thường hết trong vòng 2 tuần.