Theo định hướng tại điểm 3.1 khoản 3 Công văn số 03/CV-BCĐ và điểm 4.2 khoản 4 mục B Công văn số 11/CV-BCĐ, việc giữ nguyên (bảo lưu hoặc tiếp tục hưởng) phụ cấp được thực hiện đối với cán bộ, công chức, viên chức, người lao động hưởng lương từ ngân sách nhà nước chịu ảnh hưởng của việc sắp xếp đơn vị hành chính mà vẫn là cán bộ, công chức, viên chức, người lao động tại cơ quan, tổ chức trong hệ thống chính trị.
Theo đó, trước khi được bố trí sắp xếp, cán bộ, công chức, viên chức, người lao động đang hưởng phụ cấp nào trong số các phụ cấp lương như trên thì sau khi sắp xếp được tiếp tục hưởng phụ cấp đó.
Trường hợp cán bộ, công chức, viên chức, người lao động có thời gian làm việc còn lại dưới 06 tháng kể từ ngày có quyết định bố trí sắp xếp (do nghi hưu đúng tuổi, nghỉ hưu trước tuổi, nghỉ thôi việc...) thì tiếp tục hưởng phụ cấp cho đến khi hết thời gian làm việc còn lại.
Công văn cũng đưa ra một ví dụ rõ ràng: Trước sắp xếp, công chức A thuộc Thanh tra cấp huyện đang được hưởng phụ cấp trách nhiệm theo nghề thanh tra mức 25% mức lương hiện hưởng cộng phụ cấp chức vụ lãnh đạo và phụ cấp thâm niên vượt khung (nếu có), sau sắp xếp được bố trí đảm nhiệm vị trí việc làm là công chức cấp xã thì được giữ nguyên phụ cấp trách nhiệm theo nghề Thanh tra mức 25% nêu trên trong 6 tháng.
Ngoài việc giữ nguyên các phụ cấp hiện hưởng, cán bộ, công chức, viên chức, người lao động tiếp tục được thực hiện chế độ nâng bậc lương theo quy định của pháp luật hiện hành.
Công văn nêu rõ các chế độ phụ cấp lương hiện nay bao gồm 18 loại dưới đây:
