Cụ thể, sau khi xem xét đề nghị của Ủy ban Kiểm tra Trung ương (UBKTTƯ) tại Tờ trình số 111-TTr/UBKTTW, ngày 27/4/2018 về việc đề nghị xem xét, thi hành kỷ luật đối với bà Phan Thị Mỹ Thanh, Phó Bí thư Tỉnh ủy, Trưởng đoàn ĐBQH tỉnh Đồng Nai, Ban Bí thư nhận thấy: Trong thời gian làm Giám đốc Sở Công nghiệp từ năm 2003 đến tháng 1/2009, bà Phan Thị Mỹ Thanh đã thiếu trách nhiệm trong thực thi nhiệm vụ, công vụ; không chỉ đạo xây dựng cơ sở hạ tầng của Dự án khu tập thể Nhà máy dệt Thống Nhất trong khi đã thu tiền của các hộ dân; đồng ý để kế toán Sở Công nghiệp gửi số tiền còn lại của Dự án vào Công ty Gỗ Tân Mai; khi chuyển công tác, bà Thanh đã không bàn giao dự án cho người kế nhiệm, dẫn đến khiếu kiện đông người, kéo dài, ảnh hưởng đến tình hình an ninh, trật tự của địa phương, gây hậu quả nghiêm trọng, làm giảm uy tín của cơ quan quản lý nhà nước.
Bà Phan Thị Mỹ Thanh bị cách chức tất cả các chức vụ trong Đảng.
Với cương vị Phó Chủ tịch UBND tỉnh (thời gian từ tháng 6/2011 đến tháng 9/2014), bà Phan Thị Mỹ Thanh đã ký nhiều văn bản của UBND tỉnh nhưng không xem xét nội dung tham mưu của sở, ngành chuyên môn, vi phạm pháp luật, vi phạm quy chế làm việc của UBND tỉnh về trình tự, thủ tục đầu tư dự án; vi phạm nguyên tắc tập trung dân chủ trong việc ký Quyết định số 2230/QĐ-UBND, ngày 21/7/2014 của UBND tỉnh chấp thuận chủ trương đầu tư Dự án lấn sông Đồng Nai không báo cáo, xin ý kiến các bộ, ngành Trung ương theo kết luận của Ban Thường vụ Tỉnh ủy; ký một số quyết định của UBND tỉnh thể hiện sự ưu ái, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp của gia đình thực hiện các dự án thuộc lĩnh vực bà Thanh phụ trách, trong đó có dự án không thuộc lĩnh vực được phân công trực tiếp phụ trách, báo cáo sai sự thật về khối lượng, tiến độ đã thực hiện của dự án, nhằm mục đích trục lợi cho doanh nghiệp của gia đình mình.
Thiếu ý thức tổ chức kỷ luật, vi phạm nghiêm trọng quy chế về công tác đối ngoại; nhiều lần sử dụng hộ chiếu ngoại giao để đi nước ngoài với mục đích cá nhân, giải quyết việc riêng; thậm chí có lần xuất cảnh ra nước ngoài không báo cáo tổ chức theo quy định.
Những vi phạm, khuyết điểm của bà Phan Thị Mỹ Thanh rất nghiêm trọng, gây bức xúc trong cán bộ, đảng viên và nhân dân, làm ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và cá nhân bà Thanh. Căn cứ Quy định số 102-QĐ/TW của Bộ Chính trị về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm, Ban Bí thư quyết định thi hành kỷ luật bà Phan Thị Mỹ Thanh bằng hình thức: Cách chức tất cả các chức vụ trong Đảng; đề nghị Đảng đoàn Quốc hội chỉ đạo thực hiện các quy trình, thủ tục xem xét bãi nhiệm ĐBQH đối với bà Phan Thị Mỹ Thanh theo quy định của pháp luật.
Trước đó, ngày 23/4, tại Hà Nội, UBKTTƯ đã họp kỳ 24 dưới sự chủ trì của đồng chí Trần Quốc Vượng, Ủy viên Bộ Chính trị, Thường trực Ban Bí thư, Chủ nhiệm UBKTTƯ. Tại kỳ họp này, UBKTTƯ đã xem xét, thi hành kỷ luật đối với bà Phan Thị Mỹ Thanh, Phó Bí thư Tỉnh ủy, Trưởng đoàn ĐBQH tỉnh Đồng Nai và ông Đinh Quốc Thái, Phó Bí thư Tỉnh ủy, Bí thư Ban Cán sự đảng, Chủ tịch UBND tỉnh Đồng Nai về các vi phạm, khuyết điểm đã được kết luận tại Kỳ họp 23 của UBKTTƯ.
UBKTTƯ nhận thấy, việc kiểm điểm và đề nghị thi hành kỷ luật được thực hiện đúng trình tự, thủ tục và chấp hành nghiêm túc kế hoạch của UBKTTƯ. Tập thể Ban Thường vụ Tỉnh ủy và cá nhân có vi phạm, khuyết điểm cho rằng kết luận của UBKTTƯ là chính xác, khách quan; coi đây là bài học sâu sắc để xây dựng Đảng bộ trong sạch, vững mạnh.
Căn cứ Quy định số 102-QĐ/TW của Bộ Chính trị về xử lý kỷ luật đảng viên vi phạm; sau khi cân nhắc nhiều mặt, UBKTTƯ kết luận: Những vi phạm, khuyết điểm của bà Phan Thị Mỹ Thanh là rất nghiêm trọng, gây bức xúc trong cán bộ, đảng viên và nhân dân, làm ảnh hưởng xấu đến uy tín của tổ chức đảng và cá nhân đồng chí. UBKTTƯ đề nghị Ban Bí thư xem xét, thi hành kỷ luật đối với bà Phan Thị Mỹ Thanh. Ông Đinh Quốc Thái đã kiểm điểm nghiêm túc, cầu thị, thẳng thắn, nhận rõ trách nhiệm về những vi phạm, khuyết điểm và tự giác nhận hình thức kỷ luật. UBKTTƯ quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức khiển trách đối với ông Đinh Quốc Thái.