Vụ tai nạn đã khiến toàn bộ 53 thành viên thuỷ thủ đoàn thiệt mạng. Indonesia đưa ra quyết định trên sau cuộc gặp với các đối tác hải quân Trung Quốc. Lý do đưa đến quyết định ngừng trục vớt tàu ngầm là lực lượng cứu hộ không tìm thấy phần thân tàu - mục tiêu chính của nỗ lực trục vớt lần này nhằm trục vớt thi thể của các thủy thủ.
Các cuộc điều tra đang được tiến hành để tìm ra nguyên nhân tàu ngầm KRI Nanggala - 402 gặp nạn. Tàu KRI Nanggala 402 liên lạc lần cuối với sở chỉ huy lúc 3 giờ ngày 21/4 để xin phép lặn xuống biển trong khuôn khổ một cuộc diễn tập, sau đó mất liên lạc hoàn toàn từ 4 giờ 30.
Ngày 25/4, các quan chức quân đội và hải quân Indonesia cho biết tàu ngầm đã bị vỡ thành ít nhất 3 phần, nằm ở độ sâu gần 840 mét dưới đáy biển Bali.