Trong mỗi tình huống, bác sĩ sẽ có cách dùng và liều lượng khác nhau. Với những người bệnh có các bệnh lý đi kèm như suy gan, suy thận lại cần phải điều chỉnh liều dùng cho phù hợp. Vì thế, người bệnh không thể chủ quan mà mách nhau dùng thuốc bởi dùng không đúng cách sẽ không mang lại hiệu quả điều trị, gây tốn kém, rồi còn gặp những bất lợi của thuốc gây ra...
Không sử dụng cisaprid trong những trường hợp quá mẫn với thuốc hoặc các thành phần trong chế phẩm; chảy máu đường tiêu hóa, tắc cơ học đường tiêu hóa; thủng đường tiêu hóa hoặc trường hợp bị nguy hiểm khi kích thích vận động đường tiêu hóa và không được dùng đồng thời với các thuốc trị nấm (như ketoconazol, itraconazol, miconazol, fluconazole), kháng sinh (erythromycin, clarithromycin, troleandomycin) hay thuốc kháng virut ritonavir...
Do thuốc có khoảng điều trị hẹp nên khi dùng cần theo dõi nồng độ thuốc trong huyết thanh khi bắt đầu và khi ngừng điều trị để tránh gây độc.
Ở những người bệnh đang uống thuốc chống đông, cần theo dõi thời gian prothrombin trong vài ngày khi bắt đầu điều trị hoặc khi ngừng cisaprid.
Các bất lợi của cisaprid xuất hiện rất thất thường, đôi khi phụ thuộc vào liều dùng, đôi khi lại không phụ thuộc vào điều này và thường gặp nhất là tiêu chảy và đau bụng, đầy hơi (ở khoảng 10% người bệnh). Nhưng rất may là những phản ứng này thường xảy ra do tác dụng dược lý của cisaprid tôi và dần sẽ hết, không cần phải ngừng thuốc. Ngoài ra, ở một số người có thể bị đau đầu thoáng qua, chóng mặt hoặc buồn nôn... Tuy nhiên, người bệnh cũng cần theo dõi, đặc biệt là tình trạng tiêu chảy và co cứng bụng, nếu kéo dài hoặc trở nên nặng nề, cần thông báo cho bác sĩ biết để được xử lý kịp thời, thích hợp, có thể cần phải giảm liều dùng (khi cần thiết).