Các thuốc hấp thu qua đường tiêu hóa (miệng, dạ dày, ruột non, hậu môn) được sử dụng nhiều hơn cả. Đây là đường hấp thu tự nhiên và dễ sử dụng. Tuy nhiên ở đường dùng này lại có một số nhược điểm như dễ bị các enzym tiêu hóa phá huỷ (làm hỏng thuốc ảnh hưởng tới kết quả điều trị bệnh) hoặc thuốc tạo phức với thức ăn làm chậm hấp thu. Một số thuốc còn kích ứng niêm mạc đường tiêu hóa gây viêm loét...
- Thuốc dùng ngậm dưới lưỡi hấp thu qua niêm mạc miệng. Hay sử dụng như nifedipin (chống tăng huyết áp), nitroglycerin (chống đau thắt ngực)... Tại đây, thuốc vào thẳng vòng tuần hoàn nên không bị dịch vị của dạ dày phá huỷ.
- Đối với thuốc uống:
Tại dạ dày: nói chung thuốc ít được hấp thu do niêm mạc dạ dày ít mạch máu, lại chứa nhiều cholesterol, thời gian thuốc lưu lại ở dạ dày không lâu. Hơn nữa độ pH của dạ dày khoảng 1 - 3, không lý tưởng cho việc hấp thu thuốc ngoại trừ các các acid yếu, ít bị ion hóa như aspirin, phenylbutazon, barbiturat. Nếu uống thuốc vào lúc đói (dạ dày rỗng), thuốc sẽ hấp thu nhanh hơn nhưng lại dễ bị kích ứng.
Tại ruột non: đây là nơi có diện tích hấp thu rất rộng, lại được tưới máu nhiều, pH tăng dần tới trung tính và base (pH từ 6 - 8)... nên đây là nơi hấp thu thuốc chủ yếu khi uống thuốc.