Bệnh lây qua đường tiêu hóa nên biện pháp phòng bệnh chủ yếu là vệ sinh ăn uống. Thực hiện ăn chín, uống sôi; vệ sinh môi trường tốt, xử lý phân hợp vệ sinh; tuyệt đối không dùng phân tươi để bón rau. Khi dùng rau quả tươi phải rửa sạch dưới vòi nước hoặc ngâm kỹ có thuốc sát trùng để tiêu diệt kén amíp. Mầm bệnh còn do tay bẩn, bào nang dính dưới móng tay, từ đấy đưa vào miệng. Vì vậy cần đảm bảo vệ sinh ăn uống, vệ sinh an toàn thực phẩm, ăn chín uống sôi. Khi chế biến thức ăn cần vệ sinh sạch sẽ, rửa tay trước khi ăn và sau khi đi vệ sinh. Thức ăn cần được đậy kín để tránh ruồi nhất là vùng lũ. Xử lý tốt nước thải và nước uống. Clor và Iode ở nồng độ uống được thì không đủ diệt amíp, cần phối hợp lọc và uống nước đun sôi. Vệ sinh phân, rác, quản lý việc dùng phân trong nông nghiệp.
Tại địa phương cần tuyên truyền giáo dục vệ sinh an toàn thực phẩm. Vấn đề phòng chống bệnh amíp phụ thuộc nhiều vào điều kiện kinh tế và trình độ giáo dục, ý thức của cộng đồng.
Nguồn bệnh chủ yếu là người bị bệnh và người lành mang vi khuẩn (người bị nhiễm bệnh nhưng không có biểu hiện), thải kén amíp theo phân gây ô nhiễm thực phẩm và nước uống do đó, người bệnh cần tuân thủ nghiêm túc những hướng dẫn, chỉ định của cán bộ y tế nếu không điều trị hoặc điều trị không đúng bệnh sẽ chuyển biến xấu.
