Tuy nhiên, khi dùng thuốc này cần cảnh giác với những bất lợi của thuốc. Cụ thể:
Cisaprid làm tăng nhu động ruột có thể gây ra tắc ruột, thủng, chảy máu đường tiêu hóa. Không được dùng khi bị tắc nghẽn ruột, chảy máu dạ dày ruột.
Cisaprid chuyển hóa thải trừ ở trẻ em rất chậm nên các tác dụng không mong muốn trên nếu xảy ra thì thường nghiêm trọng. Thông thường chỉ dùng cisaprid cho trẻ em nặng từ 25kg trở lên với liều 25mg/ngày. Một số nước không dùng cho trẻ em dưới 16 tuổi. Một số nước không dùng cho trẻ em dưới 36 tháng tuổi, nhưng một số nước lại cho dùng cho phép trẻ em thuộc mọi lứa tuổi. Ở nước ta, thầy thuốc có dùng cho trẻ em bị táo bón nhưng với liều thấp. Một số bà mẹ nôn nóng muốn con khỏi bệnh ngay tự ý tăng liều dùng, có trường hợp bị tai biến.
Cisaprid khi dùng chung với thuốc ức chế thần kinh trung ương và rượu thì hiệu lực mỗi thứ đều tăng; khi dùng chung với cimetidin thì gia tăng sự hấp thu mỗi thuốc, làm tăng độ độc. Không dùng chung để tránh các tương tác này.
Cisaprid có tiềm năng gây xoắn đỉnh khi dùng kết hợp với các thuốc có tiềm năng gây xoắn đỉnh khác bao gồm các thuốc kéo dài khoảng QT (như thuốc tim mạch quinidin, procainamid, sotalol, beprodil, digitalis; thuốc trầm cảm 3 vòng amitryphtylin, maprolitin; thuốc hướng thần ternidol); nhóm kháng nấm azol (ketoconazol, fluconazol, itraconazol); nhóm kháng virut ức chế protease (ritonavir, indinavir); các kháng sinh macrolic tĩnh mạch (erythromycin, claarithromycin); các thuốc lợi tiểu làm giảm kali máu magie máu. Cần tránh việc dùng kết hợp bất lợi này.
Ngay với các bệnh thường gặp như táo bón thì việc dùng thuốc tăng vận động cơ trơn cisaprid cũng rất khó, nếu dùng quá liều thì thuốc sẽ gây độc. Khi bị táo bón, đặc biệt là với người cao tuổi, trẻ em, nên điều chỉnh chế độ ăn, nếu không đáp ứng thì trước hết nên dùng các thuốc chống táo bón nhẹ như thuốc nhuận tràng chỉ tăng nhu ở ruột già, tránh dùng thuốc tẩy tăng nhu động ở ruột non.
Trong trào ngược dạ dày - thực quản thì việc dùng thuốc tăng vận động cơ trơn cisaprid lại càng khó, cần có chỉ định của thầy thuốc.